La prima invasione che ebbe riflessi sulla vita istriana fu quella degli Unni che nel 452 distrusse Aquileia .

Durante la guerra gotica l'Istria fu contesa tra Goti e Bizantini; nel 568 l'invasione longobarda provocò il saccheggio di Trieste ed il patriarca d'Aquileia trasportò la sede metropolitana a Grado.

Per tutto il secolo VI e parte del VII ci furono le incursioni dei Franchi, Slavi, ed Avari, finché la pace del 680 limitando la conquista longobarda alla linea Oderzo-Padova venne a staccare l' Istria dalla regione friulana e dall'Italia ponendola sotto l'effettivo dominio di Bisanzio, non ancora venuta a una rottura con Roma.

La marca d' Istria e la penetrazione veneziana

Compresa nell'803 nella marca del Friuli, quando questa si sfasciò, nell'830 in quattro contee, l' Istria formò dapprima col Friuli la marca di Aquileia sottoposta da Ottone I nel 952 per assicurarsi la via delle Alpi, al ducato di Baviera. Nel 976 Friuli e Istria, staccati dalla Baviera, furono uniti al ducato di Carinzia. Nel 1077 Enrico IV costituiva il principato ecclesiastico del patriarcato d'Aquileia.

Fin dal secolo XI altre forze politiche vennero ad aggiungersi alle varie signorie feudali ecclesiastiche e laiche come fattori essenziali della storia Istriana, quali Venezia e le città costiere. Venezia stava affermando la propria influenza sulle coste istriane incalzata dalle scorrerie dei pirati.

I legami si andavano stringendo tra Venezia e l' Istria mentre i signori legittimi della penisola, prima i marchesi tedeschi, poi i patriarchi d'Aquileia, non potevano rimanere indifferenti. L'atto d'omaggio al doge Candiano II nel 932 provocò una violenta reazione del marchese Wintero; la rottura dei rapporti commerciali che ne seguì permise il sopravvento di Venezia alla quale ormai l'Istria era legata economicamente.

Nell'anno 1000 il doge Orseolo II sconfitti i pirati narentani ed i Croati gettò le basi dell'effettivo dominio di Venezia sulle isole del Quarnaro e sulla costa dalmatica.

Intanto dopo il 1000 nelle città si accentuò il movimento che porterà alla costituzione del comune.

Il riconoscimento della potenza veneta non avvenne senza tentativi di resistenza. Pola fu la più accanita ribelle, ma si dovette piegare al potere veneziano ed accettare nel 1198 il podestà mandato da Venezia come anche Pirano e Capodistria. L'autonomia delle città istriane, affermatasi contro il dominio dei marchesi, dei vescovi, dei signori, cadeva sotto la predominante potenza di Venezia.

Il dominio dei patriarchi d'Aquileia

Nel 1208 Ottone IV infeudava l'Istria al patriarcato d'Aquileia che ne tenne il dominio fino al 1451. Tutta l'opera dei patriarchi si esaurì in una lotta senza posa contro le autonomie cittadine, contro Venezia, contro i conti di Gorizia per restaurare il debole potere marchionale. I successi in principio non mancarono, ma furono di breve durata: Venezia si era posta a capo d'una lega di città istriane contro il patriarca.

Al vecchio dualismo tra i conti di Gorizia e il patriarcato le città istriane andarono incontro a Venezia preferendo darsi in suo potere piuttosto che cadere sotto la conquista dei conti di Gorizia. Con la pur platonica riserva dei diritti del patriarca aprirono le porte alla occupazione veneta Parenzo, Umago, Cittanuova, S. Lorenzo dove il dominio di Venezia divenne diretto. Il patriarcato, cui teoricamente appartenevano ancora le città passate al dominio veneziano vedeva crollare progressivamente la sua potenza politica. Le velleità di resistenza a Venezia sia da parte del patriarcato che dei conti di Gorizia furono contrastate dai Veneziani che sconfissero Gorizia e poi il patriarca di Aquileia.

La pace di Treviso, 1291, divideva l'Istria tra il patriarcato, i conti di Gorizia e Venezia. Il patriarca oltre al possesso di Muggia, conservava ancora Castelvenere, Buie, Portole, Pinguente, la valle dell'Arsa, Albona e Fianona.

I conti di Gorizia ributtati verso l'interno, si limitavano al dominio dell'Istria carsica.

Venezia dominava la costa da Capodistria a Rovigno.

La questione giuridica dei diritti del patriarca sulle terre datesi a Venezia o da essa conquistate venne risolta nel 1300 con un compromesso tra la Repubblica e il patriarca Guerra per l'arbitrato di Bonifacio VIII.

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